การติดตามสถานภาพสิ่งแวดล้อมทางน้ำ การเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาล และความสัมพันธ์กับทรัพยากรชีวภาพทางน้ำ ในพื้นที่ศึกษาหนองหาร จังหวัดสกลนคร ผลการศึกษาในเดือนมิถุนายนและตุลาคม 2559 และเดือนกุมภาพันธ์และมิถุนายน 2560 พบว่า หนองหารมีคุณภาพน้ำอยู่ในระดับปานกลาง และในบางพื้นที่พบว่าคุณภาพน้ำอยู่ในระดับแย่ถึงพอใช้เท่านั้น โดยมีปริมาณออกซิเจนละลายน้ำที่ต่ำกว่าเกณฑ์มาตรฐานคุณภาพน้ำที่เหมาะสมต่อการดำรงชีวิตของสัตว์น้ำ ในเดือนมิถุนายน 2560 พบว่าปริมาณออกซิเจนละลายน้ำมีระดับต่ำมากในหลายพื้นที่เนื่องเข้าสู่ฤดูฝนซึ่งมีการไหลหลากของน้ำ และน้ำทิ้งจากแหล่งกำเนิดต่างๆ ไหลลงสู่หนองหาร ซึ่งแนวทางในการป้องกันแก้ไขปัญหาคุณภาพน้ำ ควรเริ่มต้นจากสาเหตุได้แก่ การบำบัดน้ำทิ้งจากครัวเรือนและโรงงานอุตสาหกรรมก่อนปล่อยลงสู่สาธารณะ รวมทั้งการทำเกษตรกรรมโดยลดการใช้สารเคมีและสารกำจัดศัตรูพืชลง ซึ่งการทำเกษตรอินทรีย์เป็นทางเลือกใหม่ที่จะช่วยให้ธาตุอาหาร รวมทั้งของเสียต่างๆ ไหลลงสู่หนองหารน้อยลง
คุณภาพดินตะกอนพื้นท้องน้ำพบว่ามีความแตกต่างกันออกไปตามลักษณะของพื้นที่ ได้แก่ 1) พื้นที่ที่พื้นท้องน้ำเป็นกรวดทรายหรือทรายละเอียด จะพบสารอินทรีย์ในปริมาณต่ำและไม่พบปัญหาเกี่ยวกับก๊าซไฮโดรเจนซัลไฟด์ที่เป็นพิษต่อสิ่งมีชีวิต และ 2) พื้นที่ที่พื้นท้องน้ำเป็นดินโคลนเหลวละเอียด มีซากพรรณไม้น้ำปกคลุมพื้นท้องน้ำอย่างหนาแน่น จะพบสารอินทรีย์ในปริมาณมากและเกิดก๊าซไฮโดรเจนซัลไฟด์จากการกระบวนการย่อยสลายสารอินทรีย์ โดยเฉพาะพื้นที่บ้านแป้น มีการสะสมของสารอินทรีย์สูงมากตลอดทั้งปีและมีระดับก๊าซไฮโดรเจนซัลไฟด์ที่ค่อนข้างสูง จึงควรเป็นพื้นที่ที่เฝ้าระวังปัญหามลพิษในดินตะกอนที่อาจเกิดขึ้นในอนาคต แนวทางการแก้ไขปัญหาควรเน้นไปที่การเก็บเกี่ยวแหล่งของสารอินทรีย์ที่สะสมได้แก่พรรณไม้น้ำที่มีอยู่อย่างหนาแน่นออกจากพื้นที่ หรือการขุดลอกในบางบริเวณเพื่อให้พื้นท้องน้ำสัมผัสกับออกซิเจนที่แพร่จากบรรยากาศลงมาได้
ในด้านปริมาณคลอโรฟิลล์ เอ สะท้อนให้เห็นความอุดมสมบูรณ์ในด้านกำลังผลิตขั้นต้นในแหล่งน้ำในระดับปานกลางถึงสูง เช่นเดียวกับปริมาณแพลงก์ตอนพืชที่พบความหลากหลายทางชนิดที่มาก โดยสาหร่ายสีเขียวในกลุ่มเดสหมิดเป็นกลุ่มเด่นที่พบได้ปริมาณมากในทุกพื้นที่ ความหนาแน่นของปริมาณแพลงก์ตอนพืชในช่วงฤดูน้ำหลากจะมีมากกว่าในช่วงฤดูแล้งเนื่องจากในช่วงที่ฝนตกจะมีปริมาณธาตุอาหารที่จำเป็นในการเติบโตของแพลงก์ตอนพืชลงสู่หนองหารอย่างต่อเนื่อง สำหรับแพลงก์ตอนสัตว์พบกลุ่มของโรติเฟอร์และโคพีพอดซึ่งเป็นอาหารของสัตว์น้ำหลายชนิด โดยมีการแพร่กระจายในทุกพื้นที่และมีปริมาณมาก ความชุกชุมของแพลงก์ตอนพืชและสัตว์ซึ่งเป็นอาหารในระบบนิเวศเหล่านี้สามารถพบได้มากในพื้นที่ซึ่งมีน้ำนิ่ง ความลึกของน้ำไม่มากและมีแสงแดดเพียงพอ ซึ่งเป็นลักษณะทางกายภาพทั่วไปของหนองหาร ยกเว้นบริเวณลำห้วยทางออกสู่หนองหารของลำน้ำพุง ซึ่งมีน้ำไหลตลอดปีทำให้มีลักษณะทางสัณฐานและอุทกวิทยาที่ไม่เหมาะกับแพลงก์ตอนส่วนมากที่พบในพื้นที่อื่นๆ