แพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเด่นที่สุดในทุกฤดูกาล ได้แก่ โรติเฟอร์ ซึ่งมีทั้งชนิดและปริมาณมากที่สุด โดยเฉพาะสกุล Keratella และสกุล Polyarthra และแพลงก์ตอนสัตว์ที่พบได้มากเช่นกัน ได้แก่ โคพีพอด ซึ่งที่พบจำนวนมากนั้นเป็นตัวอ่อนระยะ Nauplius โดยส่วนใหญ่ นอกจากนี้ยังพบแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มอื่นได้แก่พวกไรน้ำจืด เช่น Bosmina, Chydorus และพบโปรโตซัว Arcella และ Difflugia ซึ่งมีเปลือกหุ้มเรียกว่า test หรือ lorica
แพลงก์ตอนสัตว์ทั้งโรติเฟอร์ โคพีพอด และไรน้ำจืด ถือเป็นอาหารสัตว์น้ำที่สำคัญในระบบนิเวศ รวมทั้งมีการนำไปใช้ในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำวัยอ่อนในเชิงพาณิชย์ และโคพีพอดเองก็กินโรติเฟอร์เป็นอาหารด้วย ในพื้นที่ที่มีพรรณไม้น้ำอยู่หนาแน่นสามารถพบกลุ่มของสัตว์เหล่านี้ได้มาก โดยจะพบว่าแพลงก์ตอนสัตว์บางชนิดจะอาศัยอยู่บริเวณชายฝั่งเท่านั้น นอกจากนี้สัดส่วนเชิงปริมาณของโคพีพอดต่อไรน้ำจืด สามารถใช้เป็นตัวบ่งชี้ความอุดมสมบูรณ์ของแหล่งน้ำได้อีกด้วย
ตารางที่ 9, 10, 11 และ 12 แสดงความหนาแน่นของแพลงก์ตอนสัตว์ที่พบในแต่ละสถานีศึกษา เดือนพฤศจิกายน 2560 พบว่าสถานีที่มีจำนวนแพลงก์ตอนสัตว์มากที่สุดได้แก่ สถานี NH5 และ NH2 มีความหนาแน่น 928 และ 904 ตัวต่อลิตร ตามลำดับ ขณะที่สถานี NH11 พบความหนาแน่นของแพลงก์ตอนสัตว์น้อยที่สุดเพียง 21 ตัวต่อลิตรเท่านั้น ในเดือนมีนาคม 2561 สถานีที่มีจำนวนแพลงก์ตอนสัตว์มากที่สุดได้แก่ สถานี NH1 และ NH7 มีความหนาแน่น 620 และ 555 ตัวต่อลิตร ตามลำดับ สถานี NH3 พบความหนาแน่นของแพลงก์ตอนสัตว์น้อยที่สุด 53 ตัวต่อลิตร
ในเดือนสิงหาคม 2561 สถานี NH9 มีความหนาแน่นของแพลงก์ตอนสัตว์มากที่สุด 625 ตัวต่อลิตร และสถานี NH2 และ NH7 พบความหนาแน่นของแพลงก์ตอนสัตว์น้อยที่สุด 38 และ 70 ตัวต่อลิตร ตามลำดับ และสุดท้ายในเดือนธันวาคม 2561 พบว่าสถานี NH3 มีจำนวนของแพลงก์ตอนสัตว์เพิ่มขึ้นอย่างมากถึง 2,342 ตัวต่อลิตร ซึ่งสอดคล้องกับกำลังผลิตขั้นต้นคือแพลงก์ตอนพืชที่มีปริมาณมากเช่นกันในช่วงเวลานี้
เมื่อพิจารณาสัดส่วนเชิงปริมาณของแพลงก์ตอนสัตว์ในแต่ละกลุ่มไฟลัม จะพบว่ากลุ่มโรติเฟอร์มีสัดส่วนเชิงปริมาณมากที่สุดถึงร้อยละ 63.23, 58.68, 52.26 และ 44.62 ในเดือนพฤศจิกายน 2560 เดือนมีนาคม 2561 เดือนสิงหาคม 2561 และเดือนธันวาคม 2561ตามลำดับ รองลงมาได้แก่กลุ่ม Arthropoda ซึ่งในบางฤดูกาลมีสัดส่วนใกล้เคียงกับโรติเฟอร์ขึ้นมา สัตว์ในสองกลุ่มที่พบในหนองหารครั้งนี้มีลักษณะการดำรงชีวิตเป็นแพลงก์ตอนถาวรที่แท้จริง คือดำรงชีวิตล่องลอยอยู่ในน้ำตลอดช่วงชีวิต มีการปรับตัวเพื่อเอาตัวรอดและสืบพันธุ์ในสภาวะแวดล้อมที่ไม่เหมาะสมได้เป็นอย่างดี จึงสามารถเป็นแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มหลักที่พบได้มากทุกครั้งของการสำรวจ เมื่อเปรียบเทียบกับผลการศึกษาแพลงก์ตอนสัตว์ในหนองหารของคณะผู้วิจัยช่วงปี 2559-2560 พบว่าทั้งจำนวนชนิดและปริมาณของแพลงก์ตอนสัตว์ไม่มีความแตกต่างมากนักระหว่างช่วงก่อนและหลังเกิดเหตุการณ์อุทกภัย