ด้วยวิธีการที่ใช้เก็บตัวอย่างปลา ซึ่งใช้อวนทับตลิ่งลากในพื้นที่ตื้นและใกล้ชายฝั่ง มีพรรณไม้น้ำอยู่อย่างหนาแน่นนั้น มีผลต่อชนิด ขนาด และปริมาณปลาที่ได้ด้วยเช่นกัน ซึ่งเครื่องมือจับปลาทุกประเภทจะมีข้อได้เปรียบและข้อจำกัดแตกต่างกันออกไปตามลักษณะแหล่งน้ำแต่ละแห่งด้วย การใช้เครื่องมือสำรวจรวมถึงการสำรวจข้อมูลจากการใช้เครื่องมือประมงหลายชนิดหรือข้อมูลจากตลาดปลาหรือท่าขึ้นปลาจะทำให้ได้รับข้อมูลที่ถูกต้องมากยิ่งขึ้น
ทั้งนี้ จากการรวบรวมข้อมูลสำรวจในพื้นที่ของคณะผู้วิจัย ตั้งแต่ พ.ศ. 2559-2561 และข้อมูลทุติยภูมิทั้งหมดจากที่มาต่างๆ แล้วพบว่ามีพรรณปลาในหนองหารมากถึง 99 ชนิด และจากรายงานของ องค์การกองทุนสัตว์ป่าโลกสากล พบพรรณปลาในหนองหารและลำน้ำก่ำรวมทั้งสิ้น 133 ชนิด (WWF, 2018)
จากการศึกษาในครั้งนี้พบว่า ชนิดของปลาที่พบได้มากที่สุดคือ ปลาซิวหางแดง ปลากริมอีสาน และปลาแป้นแก้ว ซึ่งปกติเป็นปลาที่รวมกลุ่มอาศัยอยู่ในบริเวณที่มีพรรณไม้น้ำอยู่หนาแน่น ซึ่งเป็นลักษณะทางกายภาพส่วนมากของหนองหารอยู่แล้ว และพบได้มากในทุกครั้งของการสำรวจในช่วง 2-3 ปีที่ผ่านมา อย่างไรก็ตาม พบว่ามีปลาซิวอ้าว (Luciosoma bleekeri) ในบางพื้นที่ของหนองหารด้วยในเดือนพฤศจิกายน 2560 ซึ่งโดยปกติแล้วจะพบปลาซิวอ้าวในแม่น้ำลำคลองขนาดใหญ่ แต่เนื่องจากเกิดน้ำหลากท่วมในช่วงเดือนกรกฎาคมถึงสิงหาคม 2560 ทำให้ปลามีปลาชนิดนี้เข้ามาสู่หนองหารด้วย
จากการศึกษาความหลากหลายทางชนิดของทรัพยากรปลาด้วยเครื่องมืออวนทับตลิ่งในรอบปี พบปลารวมทั้งหมด 21 วงศ์ (Family) ซึ่งวงศ์ที่เด่นที่สุดที่พบแพร่กระจายเกือบทุกสถานี คือ วงศ์ Cyprinidae (วงศ์ปลาตะเพียน ปลาซิว) ซึ่งมีทั้งชนิดและปริมาณมากที่สุดถึง 11, 17, 12 และ 19 ชนิด ในเดือนพฤศจิกายน 2560 เดือนมีนาคม 2561 เดือนสิงหาคม 2561 และเดือนธันวาคม 2561 ตามลำดับ เนื่องจากเป็นวงศ์ (Family) ที่มีสมาชิกในวงศ์มากเมื่อเทียบกับปลาวงศ์อื่น รองลงมาเป็นปลากลุ่มหลักของพื้นที่ศึกษา คือ วงศ์ Osphronemidae (วงศ์ปลากัด ปลากริม ปลาสลิด) เนื่องจากพบจำนวนตัวในปริมาณมากและสามารถพบได้ทุกพื้นที่ศึกษาในหนองหาร ผลการศึกษาเชิงปริมาณของปลาที่พบในแต่ละสถานีศึกษา ในเดือนพฤศจิกายน 2560 พบว่า สถานี NH1, NH12 และ NH10 พบจำนวนของปลามากที่สุดเท่ากับ 582, 400 และ 367 ตัวต่อ 100 ตารางเมตร ตามลำดับ ในเดือนมีนาคม 2561 พบว่า สถานี NH9 และ NH4 นั้น มีจำนวนปลามากที่สุด เท่ากับ 567 และ 350 ตัวต่อ 100 ตารางเมตร ตามลำดับ ในเดือนสิงหาคม 2561 สถานี NH5 และ NH3 มีจำนวนปลามากที่สุด เท่ากับ 345 และ 320 ตัวต่อ 100 ตารางเมตร ตามลำดับ ส่วนในเดือนธันวาคม 2561 สถานี NH8 และ NH2 มีจำนวนปลามากที่สุด เท่ากับ 472 และ 405 ตัวต่อ 100 ตารางเมตร ตามลำดับ ซึ่งจะเห็นได้ว่า ในแต่ละพื้นที่ของหนองหารนั้นสามารถพบปลาได้ในปริมาณมากโดยไม่มีพื้นที่ใดมีปลาชุกชุมอย่างเด่นชัดเป็นพิเศษ (ตารางที่ 19, 20, 21 และ 22)
การพิจารณาพื้นที่ที่มีความหลากหลายของชนิดปลา ในเดือนพฤศจิกายน 2560 พบว่าพื้นที่ที่มีความหลากหลายของชนิดปลามากที่สุดคือ สถานี NH12 พบปลาทั้งสิ้น 17 ชนิด ซึ่งสถานี NH12 ได้รับอิทธิพลจากการหลากท่วมของน้ำในหนองหารอย่างมากและถือเป็นจุดที่น้ำทั้งหมดไหลมาออกสู่ประตูระบายน้ำสุรัสวดี ทำให้พบชนิดของปลาที่หลากหลายและมีจำนวนตัวมาก ในเดือนมีนาคม 2561 พบพื้นที่ที่มีความหลากหลายของชนิดปลามากที่สุดได้แก่ สถานี NH11 พบปลาทั้งสิ้น 14 ชนิด ซึ่งโดยปกติแล้วพื้นที่ปากน้ำพุงเป็นจุดที่มีความหลากหลายของชนิดปลามากที่สุดมาโดยตลอดอยู่แล้ว สำหรับเดือนสิงหาคม 2561 พบความหลากหลายทางชนิดของปลามากที่สุดในสถานี NH12 โดยพบพรรณปลา 15 วงศ์ และเดือนธันวาคม 2561 พบความหลากหลายทางชนิดมากที่สุดที่สถานี NH11 มากถึง 22 วงศ์ ซึ่งจะเห็นได้ว่า บริเวณตอนล่างของหนองหารซึ่งอยู่ในเขตพื้นที่ทางออกของลำน้ำพุง และทางเข้าสู่ลำน้ำก่ำ เป็นจุดที่มีความหลากหลายทางชีวภาพของปลาสูงที่สุดในแต่ละครั้งที่สำรวจ
เมื่อศึกษาค่าดัชนีความหลากหลายทางชนิด (Diversity Index) ในเดือนพฤศจิกายน 2560 มีค่าดัชนีความหลากหลายเท่ากับ 2.31 สำหรับในเดือนมีนาคม 2561 มีค่าดัชนีความหลากหลายเท่ากับ 2.13 ในเดือนสิงหาคม 2561 มีค่าดัชนีความหลากหลายเท่ากับ 2.44 และเดือนธันวาคม 2561 มีค่าดัชนีความหลากหลายเท่ากับ 2.16 โดย Warren (1971) และ Mason (1991) กําหนดค่าดัชนีความหลากหลายทางชนิดว่า ค่าสูงกว่า 2 แสดงว่าคุณภาพของแหล่งน้ำดีเหมาะสมต่อการดํารงชีวิต ถ้ามีค่าระหว่าง 1-2 แสดงว่า คุณภาพของแหล่งน้ำอยู่ในเกณฑ์พอใช้ สิ่งมีชีวิตสามารถอาศัยอยู่ได้ และดัชนีความหลากหลายทางชนิด ต่ำกว่า 1 แสดงว่าคุณภาพ แหล่งน้ำมีค่าต่ำไม่เหมาะต่อการอยู่อาศัยของสิ่งมีชีวิต แสดงให้เห็นว่า หนองหาร จังหวัดสกลนครนั้น เป็นแหล่งน้ำที่มีคุณภาพเหมาะสมต่อการดำรงชีวิตของสัตว์น้ำ และสามารถเจริญเติบโต แพร่พันธุ์ได้ดี มีความหลากหลายทางชีวภาพของทรัพยากรปลาอยู่ในระดับที่เหมาะสม
การศึกษาสำรวจปลาในหนองหารที่ผ่านมา ประกอบด้วย สันทนาและคณะ (2537) ทำการสำรวจทรัพยากรประมงและภาวะการประมงหลังการปรับปรุงหนองหาร พบปลาทั้งหมด 19 วงศ์ 46 ชนิด ผลผลิตต่อพื้นที่ 9.74 กิโลกรัมต่อไร่ มากกว่าผลการสำรวจหนองหารระหว่างการบูรณะซึ่งพบปลา 15 วงศ์ 31 ชนิด มีผลผลิตต่อพื้นที่ 3.5 กิโลกรัมต่อไร่
สันทนา และคณะ (2546) ศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพของปลาในหนองหาร พบพันธุ์ปลารวม 56 ชนิดจาก 21 วงศ์ เป็นพันธุ์ปลาในวงศ์ Cyprinidae 19 ชนิด ชนิดพันธุ์ปลาที่พบมากได้แก่ ปลากระดี่หม้อ ปลาสลิด ปลาสลาด ปลาสร้อยนกเขา ปลาปักเป้า ปลาช่อน ปลาหมอช้างเหยียบ ปลาเสือดำ ปลาไส้ตันตาแดง และปลากระสูบจุด
จากการประเมินผลจับสัตว์น้ำของศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดสกลนคร (2556) โดยใช้ชุดเครื่องมือข่าย 6 ขนาดช่องตา พบชนิดพันธุ์ปลารวม 15 วงศ์ 37 ชนิด ประกอบด้วยวงศ์ปลาตะเพียน (Cyprinidae) มากที่สุดจำนวน 15 ชนิด คิดเป็นร้อยละ 40.54 ของชนิดพันธุ์ปลาที่พบทั้งหมด
ผลการศึกษาทรัพยากรปลาในครั้งนี้ แสดงให้เห็นว่า แม้กลุ่มปลาชนิดหลักที่พบจำนวนมากในการศึกษาจะเป็นปลาที่อาจจะนำมาใช้ประโยชน์ได้น้อย หรือยังไม่มีการใช้ประโยชน์ แต่เมื่อพิจารณาถึงบทบาทและคุณค่าด้านนิเวศวิทยาแหล่งน้ำแล้ว สิ่งมีชีวิตทุกชนิดในระบบนิเวศล้วนมีความสำคัญในห่วงโซ่อาหารและการถ่ายทอดพลังงาน ซึ่งเป็นการรักษาสมดุลตามธรรมชาติเอาไว้ นอกจากนี้ ในหนองหารยังมีปลาที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจอยู่เป็นจำนวนมาก โดยส่วนมากใช้เป็นอาหารที่บริโภคในครัวเรือน เช่น ปลาสร้อยนกเขา ปลาตะเพียน ปลาช่อน ปลากระสูบ รวมถึงปลาที่สามารถแปรรูปไปเป็นผลิตภัณฑ์อื่นๆ ได้ เช่น นำไปทำเป็นปลาส้ม ปลาร้า เป็นต้น และยังมีปลาที่สามารถนำไปเลี้ยงเพื่อความสวยงามและสร้างรายได้ เช่น ปลาซิวหางแดง ปลาซิวหางกรรไกรเล็ก ปลากระทิง นอกจากนี้ปลาหลายชนิดที่มีรายงานการพบในหนองหารเป็นปลาที่หายากในธรรมชาติและใกล้สูญพันธุ์ เช่น ปลาบึก ปลาเค้าขาว และปลานวลจันทร์น้ำจืด ซึ่งผู้ใช้ประโยชน์จากแหล่งน้ำหนองหารจำเป็นต้องตระหนักถึงความสำคัญของปลาดังที่กล่าวมาข้างต้นนี้
ทั้งนี้ ด้วยวิธีการที่ใช้เก็บตัวอย่างปลา ซึ่งใช้อวนทับตลิ่งลากในพื้นที่ตื้นและใกล้ชายฝั่ง มีพรรณไม้น้ำอยู่อย่างหนาแน่นนั้น ก็มีผลต่อชนิด ขนาด และปริมาณปลาที่ได้ด้วยเช่นกัน ซึ่งเครื่องมือจับปลาทุกประเภทจะมีข้อได้เปรียบและข้อจำกัดแตกต่างกันออกไปตามลักษณะแหล่งน้ำแต่ละแห่งด้วย