ของแข็งแขวนลอยซึ่งเป็นอนุภาคขนาดเล็กจะลอยกระจายอยู่ในน้ำ โดยอนุภาคเหล่านี้เป็นสาเหตุทำให้น้ำมีสีและขุ่น ซึ่งส่งผลต่อปริมาณแสงที่ส่องลงมาสู่มวลน้ำ และส่งผลกระทบต่อสัตว์น้ำโดยขัดขวางระบบแลกเปลี่ยนก๊าซหรือทำให้สัตว์เจริญเติบโตช้า แต่ความขุ่นสามารถช่วยในการหลบซ่อนศัตรูของสัตว์น้ำขนาดเล็กได้ ผลการวิเคราะห์ปริมาณของแข็งแขวนลอยรวมในน้ำดังภาพด้านล่าง
ปริมาณของแข็งแขวนลอยรวมในน้ำ ในพื้นที่ศึกษาทั้งหมด อยู่ในช่วง 0.14-46.80 มิลลิกรัมต่อลิตร ค่าเฉลี่ยมัธยฐาน 1.49 มิลลิกรัมต่อลิตร ในเดือนมิถุนายน 2559, อยู่ในช่วง 0.38-27.69 มิลลิกรัมต่อลิตร ค่าเฉลี่ยมัธยฐาน 3.14 มิลลิกรัมต่อลิตร ในเดือนตุลาคม 2559, อยู่ในช่วง 1.24-13.25 มิลลิกรัมต่อลิตร ค่าเฉลี่ยมัธยฐาน 2.95 มิลลิกรัมต่อลิตร ในเดือนกุมภาพันธ์ 2560 และอยู่ในช่วง 0.86-72.00 มิลลิกรัมต่อลิตร ค่าเฉลี่ยมัธยฐาน 20.21 มิลลิกรัมต่อลิตร ในเดือนมิถุนายน 2560 ตามลำดับ ผลการศึกษาสะท้อนให้เห็นว่าหนองหารเป็นแหล่งน้ำที่มีน้ำใสมาก โดยมีสารแขวนลอยอยู่ในน้ำปริมาณน้อยมากจึงทำให้ความขุ่นต่ำไปด้วย สอดคล้องกับค่าความโปร่งแสงของน้ำที่วัดโดยจานวัดค่าความโปร่งแสง ช่วงเดือนที่มีปริมาณของแข็งแขวนลอยรวมมากที่สุดและมีค่าสูงในหลายๆ สถานี ได้แก่เดือนมิถุนายน 2560 โดยมีความแตกต่างจากเดือนสำรวจอื่นอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (P<0.05) ซึ่งในเดือนมิถุนายน 2560 ถือว่าเข้าสู่ฤดูฝนเร็วกว่าในช่วงเวลาเดียวกันของปี 2559 แรงจากลมฝนและน้ำที่หลากลงสู่หนองหารติดต่อกันทำให้พื้นที่ตื้นมีการฟุ้งกระจายของตะกอน
เมื่อพิจารณาเชิงพื้นที่พบว่าโดยส่วนมากแล้วสถานีศึกษาจะมีระดับความโปร่งแสงที่แสงสามารถส่องถึงพื้นน้ำได้ อย่างไรก็ตาม พบว่าในบางสถานีมีปริมาณของแข็งแขวนลอยที่สูงอย่างชัดเจน เนื่องจากพื้นที่เหล่านั้นได้รับอิทธิพลจากการรบกวนพื้นท้องน้ำให้เกิดการฟุ้งกระจายของตะกอน เช่น สถานี NH1 และสถานี NH4 ในเดือนมิถุนายน 2559 ซึ่งมีการขุดลอกร่องน้ำในช่วงเวลาดังกล่าว นอกจากนี้ยังเกิดจากการมีตะกอนดินโคลนฟุ้งกระจายในบริเวณตื้นชายฝั่งเช่นในสถานี NH2 ในส่วนของสถานี NH11 ซึ่งเป็นทางน้ำไหลออกจากลำน้ำพุง ซึ่งมีน้ำหลากลงมาจากแผ่นดินได้ชะล้างตะกอนลงมาทำให้เกิดน้ำขุ่นขึ้นได้ตลอดทั้งปี
ปัจจัยหนึ่งที่ช่วยให้แหล่งน้ำหนองหารใสและมีความโปร่งแสงมากคือพรรณไม้น้ำปริมาณมากในพื้นที่ ซึ่งสามารถดักกรองตะกอนแขวนลอยได้อย่างชัดเจน โดยสังเกตได้จากลำต้นของพรรณไม้น้ำซึ่งมักมีตะกอนสีน้ำตาลซึ่งเป็นสารอินทรีย์เกาะอยู่ทั่วทั้งลำต้น อย่างไรก็ตามตะกอนเหล่านี้อาจทำให้ประสิทธิภาพในสังเคราะห์ด้วยแสงของพรรณไม้น้ำลดลงเพราะการจับตัวของตะกอนบนพืชน้ำจะบดบังแสงที่ส่องลงมาได้
จากการประเมินคุณภาพน้ำตามดัชนีคุณภาพสำหรับการป้องกันสุขภาพมนุษย์โดยมุ่งเน้นความสามารถในการรับของมนุษย์ ทั้ง 10 จุดในหนองหาร พบว่า น้ำในหนองหารมีคุณภาพระดับปานกลางถึงดีมากสำหรับการป้องกันสุขภาพมนุษย์โดยมุ่งเน้นความสามารถในการรับของมนุษย์ ซึ่งหมายถึงคุณภาพน้ำไม่ได้มาตรฐานตามที่กำหนดน้อยมากในบางแห่ง และได้คุณภาพน้ำได้ตามมาตรฐานที่กำหนดบางครั้งและตลอดเวลา ซึ่งสถานีที่มีคุณภาพน้ำระดับปานกลาง (Class C) ได้แก่ NHK01 (บริเวณจุดสูบน้ำประปา การประปาส่วนภูมิภาค จังหวัดสกลนคร) NHK02 (บริเวณตำบลธาตุนาเวง อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) NHK03 (บริเวณตำบลฮางโฮง อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) NHK04 บริเวณตำบลเชียงเครือ อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร และ NHK06 (บริเวณตำบลบ้านแป้น อำเภอโพนนาแก้ว จังหวัดสกลนคร) ซึ่งสถานีเหล่านี้พบค่าซีโอดีค่อนข้างสูงเนื่องจากมีปริมาณสารอินทรีย์ที่ย่อยสลายยาก ซึ่งเกิดจากการย่อยสลายซากพื้นซากสัตว์ที่มีอยู่ในน้ำและน้ำเสียจากชุมชน สถานีที่มีคุณภาพน้ำระดับดี (Class B) ได้แก่ NHK05 (บริเวณจุดสูบน้ำโรงประปา เทศบาลตำบลท่าแร่ อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) NHK07 (บริเวณบ้านท่าศาลา/บ้านจอมแจ้ง ตำบลบ้านแป้น อำเภอโพนนาแก้ว จังหวัดสกลนคร) NHK08 (บริเวณตำบลนาตงวัฒนา อำเภอโพนนาแก้ว จังหวัดสกลนคร) และ NHK10 (บริเวณตำบลงิ้วด่อน อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) และสถานีที่มีคุณภาพน้ำระดับดีมาก (Class A) ได้แก่ NHK09 (บริเวณตำบลเหล่าปอแดง อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร)
ในการวิเคราะห์คุณภาพน้ำตามลำห้วยที่ไหลลงสู่หนองหารและไหลออกจากหนองหารตามดัชนีคุณภาพสำหรับการป้องกันสุขภาพมนุษย์โดยมุ่งเน้นความสามารถในการรับของมนุษย์ทั้ง 8 ลำห้วย พบว่า มีคุณภาพระดับไม่ดีถึงดีสำหรับการป้องกันสุขภาพมนุษย์โดยมุ่งเน้นความสามารถในการรับของมนุษย์ซึ่งส่วนใหญ่จะมีคุณภาพระดับปานกลาง(Class C) เนื่องจากมีค่าซีโอดีค่อนข้างสูงทุกลำห้วย ทั้งนี้สถานีเก็บน้ำ BNH05 (ลำน้ำก่ำ ตำบลม่วงลาย อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) ซึ่งเป็นลำน้ำหลักที่ไหลออกจากหนองหาร และ BNH06 (ลำน้ำพุง ตำบลเหล่าปอแดง อำเภอเมือง สกลนคร) ซึ่งเป็นลำน้ำหลักที่ไหลเข้าสู่หนองหารมมีคุณภาพดี (Class B)
ในการวิเคราะห์คุณภาพน้ำโดยใช้ดัชนีคุณภาพน้ำสำหรับการป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำ พบว่า น้ำในหนองหารมีคุณภาพพอใช้ถึงดีสำหรับการป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำทั้งนี้โดยส่วนใหญ่คุณภาพน้ำในหนองหารสำหรับการป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำมีคุณภาพปานกลาง (Class C) โดยสถานีเก็บน้ำที่มีคุณภาพน้ำระดับปานกลาง (Class C) ได้แก่ NHK01 (บริเวณจุดสูบน้ำประปา การประปาส่วนภูมิภาค จังหวัดสกลนคร) NHK04(บริเวณตำบลเชียงเครือ อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) NHK05 (จุดสูบน้ำโรงประปา เทศบาลตำบลท่าแร่ อำเภอเมืองจังหวัดสกลนคร) NHK07 (บริเวณบ้านท่าศาลา/บ้านจอมแจ้ง ตำบลบ้านแป้น อำเภอโพนนาแก้ว จังหวัดสกลนคร) NHK09 (บริเวณตำบลเหล่าปอแดง อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) และ NHK10 (บริเวณตำบลงิ้วด่อน อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) ทั้งนี้คุณภาพน้ำระดับดี (Class B) สำหรับการดำรงชีวิตของสิ่งมีชีวิตในน้ำ ได้แก่ NHK02 (บริเวณตำบลธาตุนาเวง อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) NHK03 (บริเวณตำบลฮางโฮง อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) NHK06 (บริเวณตำบลบ้านแป้น อำเภอโพนนาแก้ว จังหวัดสกลนคร) และ NHK08 (บริเวณตำบลนาตงวัฒนา อำเภอโพนนาแก้ว จังหวัดสกลนคร)จะเห็นได้ว่า คุณภาพน้ำในหนองหารยังเหมาะสมสำหรับการดำชีวิตของสัตว์น้ำอยู่บางแห่ง ทั้งนี้บริเวณที่คุณภาพน้ำที่อยู่ในระดับพอใช้ควรมีการพิจารณาถึงการกำจัดธาตุอาหาร โดยเฉพาะแอมโมเนียไนโตรเจน ซึ่งมีพิษต่อสัตว์น้ำ
สำหรับการวิเคราะห์คุณภาพน้ำตามดัชนีคุณภาพน้ำสำหรับการป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำ ในห้วยสาขาทั้ง 8 จุด พบว่า มีคุณภาพระดับดีถึงดีมาก ซึ่งลำห้วยที่มีคุณภาพน้ำระดับไม่ดี (Class D) ได้แก่ BNH01 (ห้วยสมอ ตำบลธาตุนาเวง อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) ซึ่งพบว่า มีปริมาณออกซิเจนละลายต่ำและ แอมโนเนียไนโตรเจนและไนเตรทสูง เนื่องจากห้วยสมอ เป็นห้วยที่รับน้ำเสียจากชุมชนเมืองธาตุนาเวงไหลลงสู่หนองหาร ซึ่งไม่ผ่านการบำบัดน้ำเสีย ห้วยที่มีคุณภาพน้ำระดับปานกลาง (Class C) สำหรับการป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำ ได้แก่ BNH03 (ห้วยทุ่งแร่ ตำบลท่าแร่ อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร)และ BNH08 (น้ำเข้าระบบปรับปรุงคุณภาพน้ำเทศบาลนครสกลนคร อำเภอเมือง สกลนคร) โดยส่วนใหญ่ลำห้วยน้ำไหลลงสู่หนองหารมีคุณภาพน้ำระดับดีสำหรับการป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำห้วยที่มีคุณภาพน้ำระดับดี (Class B) สำหรับการป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำได้แก่ BNH02 (ห้วยลาก ตำบลเชียงเครือ อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) BHN04 (ห้วยลอง ตำบลนาแก้ว อำเภอโพนนาแก้ว จังหวัดสกลนคร) BNH07 (ห้วยเดียก ตำบลงิ้วด่อน อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) ทั้งนี้ห้วยที่มีคุณภาพน้ำระดับดีมาก (Class A) สำหรับการป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำ ได้แก่ BNH05 (ลำน้ำก่ำ ตำบลม่วงลาย อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร) ซึ่งเป็นลำห้วยที่ไหลออกจากหนองหาร และ BNH06 (ลำน้ำพุง ตำบลเหล่าปอแดง อำเภอเมือง สกลนคร) ซึ่งเป็นลำน้ำหลักที่ไหลเข้าสู่หนองหารคุณภาพน้ำสำหรับป้องกันสิ่งมีชีวิตในน้ำในลำห้วยโดยรวม ถือว่าอยู่ในระดับปานกลางและดี สามารถใช้ในการเลี้ยงสัตว์น้ำ หรือทำประมงได้ ซึ่งจะเห็นได้ว่า ห้วยสมอ มีคุณภาพน้ำในระดับที่ไม่ดี จึงควรพิจารณาให้มีการบำบัดน้ำเสียตามชุมชนต่างๆ ก่อนปล่อยลงสู่ลำห้วย
การวิเคราะห์ดัชนีการวิเคราะห์คุณภาพน้ำเพื่อการเกษตรแบ่งเป็น 2 ประเภท ได้แก่ ดัชนีคุณภาพน้ำเพื่อชลประทานทั่วไป ดัชนีคุณภาพน้ำเพื่อการชลประทานสำหรับทำนา ในการวิเคราะห์คุณภาพน้ำสำหรับดัชนีคุณภาพน้ำสำหรับการเกษตรพบว่า ดัชนีคุณภาพน้ำเพื่อชลประทานทั่วไปทั้ง 10 จุดในหนองหาร พบว่า มีคุณภาพดีมาก (Class A) ซึ่งหมายถึงน้ำในหนองหารเหมาะสำหรับการชลประทานและการใช้ในการทำนาสำหรับการวิเคราะห์คุณภาพน้ำในลำห้วยตาม ดัชนีคุณภาพน้ำในการใช้ประโยชน์ในการเกษตรทั้ง 8 ลำห้วยพบว่า ดัชนีคุณภาพน้ำเพื่อการเกษตรทั้ง 8 ลำห้วยอยู่ในระดับดี (Class A) เช่นกัน