ปริมาณน้ำในดินตะกอน สามารถสะท้อนถึงลักษณะทางกายภาพและความอุดมสมบูรณ์ของดินตะกอน โดยอนุภาคขนาดเล็กที่สามารถเกาะกับสารอินทรีย์ได้ดีนั้นส่วนใหญ่จะจับตัวกันอย่างหลวมๆ แต่มีสัดของน้ำที่อยู่ภายในรอยต่อระหว่างอนุภาคดินมาก เช่น โคลนหรือเลน ในส่วนของทรายซึ่งไม่จับตัวกันและมีช่องว่างระหว่างอนุภาคมากก็จะไม่เกาะกับสารอินทรีย์และสะท้อนความอุดมสมบูรณ์ที่ต่ำ
ในเดือนมิถุนายน 2559 ปริมาณน้ำในดินตะกอนผิวหน้าที่ระดับความลึก 0 – 1 เซนติเมตร ในพื้นที่ศึกษามีค่าอยู่ในช่วงร้อยละ 21.09 – 93.21 ซึ่งถือว่ามีความแตกต่างกันอย่างมากในแต่ละสถานี โดยสถานีที่มีลักษณะพื้นที่ท้องน้ำเป็นดินปนทรายละเอียดหรือทรายละเอียด ได้แก่ สถานี NH6 NH7 และ NH11 มีปริมาณน้ำในดินตะกอนประมาณร้อยละ 20 เท่านั้นโดยอนุภาคทรายไม่สามารถเก็บกักน้ำเอาไว้ได้ภายในช่องว่างระหว่างอนุภาค เนื่องจากไม่จับตัวกันเป็นก้อน ในขณะที่สถานีที่มีพรรณไม้น้ำปกคลุมหนาแน่นอย่า งNH5 หรือ NH10 มีปริมาณน้ำในดินตะกอนสูงมากถึงร้อยละ 90 สะท้อนลักษณะตะกอนที่เหลว มีองค์ประกอบของน้ำที่อยู่ในตะกอนมากและน้ำหนักเบา ซึ่งตะกอนลักษณะเช่นนี้ส่วนใหญ่จะเป็นตะกอนซึ่งเกิดจากซากพืช ซึ่งมีน้ำอยู่ในองค์ประกอบของต้นพืชในสัดส่วนสูง ขณะที่เดือนตุลาคม 2559 ปริมาณน้ำในดินตะกอนผิวหน้าที่ระดับความลึก 0 – 1 เซนติเมตร ในพื้นที่ศึกษามีค่าอยู่ในช่วงร้อยละ 39.60 – 95.03 ซึ่งมีความแตกต่างของปริมาณน้ำในดินตะกอนในระหว่างสถานีน้อยลง แต่ลักษณะอนุภาคของตะกอนที่สังเกตได้นั้นไม่แตกต่างจากเดือนมิถุนายน 2559 เมื่อเข้าสู่เดือนกุมภาพันธ์ 2560 ซึ่งเป็นช่วงฤดูแล้งพบว่าปริมาณน้ำในดินตะกอนในหลายพื้นที่มีค่าที่เพิ่มสูงขึ้นมาก ได้แก่ สถานี NH4, NH9, NH10, NH11 และ NH12 ถึงแม้จะไม่มีฝนหรือการหลากของน้ำที่พัดพาตะกอนมาตกลงในพื้นที่ แต่พืชพรรณไม้น้ำที่เจริญเติบโตอย่างเต็มที่และทับถมล้มตายลงมากอาจเป็นปัจจัยหนึ่งซึ่งทำให้เกิดตะกอนอินทรีย์จากการย่อยสลายซากใบไม้สะสมอยู่บนผิวหน้าของพื้นท้องน้ำ